先天性心脏病的患儿由于心脏不能像正常的心脏一样工作，不能进行正常的血液循环，机体得不到正常的氧气，因此，对身体的各系统都有影响，危害后果因类型不同程度也不一样。
一．危害一
病情严重的和复杂畸形的先心病患儿，如得不到及时治疗，到一岁时有一半死亡，到两岁是三分之二死亡，并且畸形越复杂，病情越重死亡越多，死亡越早。
二．危害二
心脏结构异常造成的血液湍流可造成局部心内膜结构受损，容易滋生细菌，细菌就有可能把他们的“家”安在心脏里，并且不断增长，繁殖，加重心脏的破坏，发生感染性心内膜炎。
三．危害三
先心病患儿因缺血缺氧，影响患儿正常的生长发育，体质弱、易生病。有的突然发生呼吸困难，全身青紫加重，失去知觉，影响大脑供血，长期、严重的缺血缺氧将导致患儿智力下降。
四．危害四
血液与血管的流动和变形长期不纠正，加重心脏的负担，不能满足正常的需要，器官、组织缺血缺氧发生心力衰竭、甚至猝死。有的本早期可治好的心脏病，因为失去了手术最佳时机，以后接受手术治疗，但终因继发病变严重，使得手术的风险性及并发症发生率显著增加。
随着医学技术的发展，先心病的病死率显著降低，绝大部分先心病经过积极治疗可以比较健康的生长发育，可以像正常人一样生活、学习、工作。
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